[1]        h.700ler'in Başlarında meydana gelen Moğol Tahribatı, Mavaraünnehir, Harezm ve Horasan’da çok daha Şiddetli olmuş, el-Buhari, İbnu Sina gibi Ünlüler'i yetiştiren Buhara, Cengiz Han’ın Halifesi Ügedey Devri'nde (636/1238-9 da)  Moğollar tarafından Yağma edildi.

         Cengiz Han, Buhara’yı 617/1220-21 de kuşatmıştı. Kale ve Şehri yıkılmasını emretti. 12 Gün'de Yangın ve Neft Yağları'yla Cami ve Sarayları yıktılar. Quran ve çok sayıda Kitap Hendekler'e atıldı. Cengiz, Yangın'dan önce, bir Camii’nin Minber'ine çıkarak Hiddet'ini ifade eden Konuşma yapmıştı.

         Moğollar, Buhara’da bulunan herkesi öldürdüler, Şehir'den kaçıp kurtulanlardan birisi: ‘Geldiler, yaktılar, yıktılar, öldürdüler, götürdüler ve gittiler’ diye bu Feci Durumu anlatır.

         Moğol Hakimiyeti'nin ilk Yıllar'ında, Buhara ve Civarının nasıl İdare olduğu hakıkında Güvenilir Bilgi yoktur. 7 Receb 671/20 Ocak 1273 de Buhara, İlhan Abaka’nın Serdarlarından Nikbey Bahadır’ın Kumandası altında, İran Moğolları tarafından zaptedildi. 7 Gün Talan sürdü. Şehir ateşlenerek, Ahalisi öldürüldü.  (Mevlana, Nasiruudin Tusi öldüğü Yıl).

         683/1283’te Kaydu’nun Emriyle, Mesud Bey, Şehri yeniden kurmak ve Kaçak Halkı geri getirtmek için Tedbirler aldı, 671/1273’de Tahrip edildi olan Mesudiye, yeniden İnşa edildi ve Kurusucusu 688/1289 da buraya gömüldü.

         Buhara 716/1316 da, İran Moğolları'yla, Müttefikleri olan Çağatay Şehzadesi Yasavur tarafından, bir daha Tahrip edilmiş, Ahali Zorla çıkartılarak, Ceyhun’un Güneyindeki Arazi'ye yerleştirildi.

         Çağatay Hanedanı ve daha sonra Timur ve Timuroğulları Devri'nde Buhara Maveraunehir’in Siyasi Hayatı'nda Önemli bir Mevki'ye Sahip olmamış gibi görünür. Şehr'in, bu Devir'den önce ve sonraki Siyasi ve Dini Hayatı hakkında Rusya’da pekçok Yazması bulunan Kitab-ı Mollazede de Geniş Bilgi verilir.

         Buhara Harezm’li Türk Valisi Mahmud Yalvaç tarafından kısmen İmar edildiyse de  bie daha Eski Durumunu kazanamaz.

[2]        İbnu'l-Esir/Camiu'l-Usul